北海道庁は2006年10月、「エゾシカ衛生処理マニュアル」を策定・公表しました。2015年4月改訂版をこちらからダウンロードいただけます。（北海道エゾシカ対策室のページへ）

従来から、「エゾシカを本道の特産物として位置付け、肉資源として活用するためには、科学的調査に基づいて捕獲するとともに、食肉として衛生的に取り扱うことが必須条件」（同マニュアル本文から）とされてきたエゾシカ肉でしたが、「エゾシカは野生動物であり、家畜と違って「と畜場法」の対象とはなっていないため、捕獲から解体に至るまでの衛生的な処理の方法について具体的な基準が定められていません」でした。 「食品としての付加価値を高めるためには、自主的な衛生管理体制を作り、衛生マニュアルに基づくきめ細かな衛生管理を行う必要があり」「 本マニュアルは、エゾシカが衛生的に処理され、より安全・安心な食肉として流通することを目的として、作成」されました。

マニュアルには、シカ（捕獲個体、飼育個体）の受け入れ基準から解体、製品化にいたる各段階で守るべき基準が細かく記され、マニュアルを遵守する処理場から出荷される製品を、消費者は安心して食べることができるようになりました。

社団法人エゾシカ協会はかねて公的な衛生マニュアルの必要性を訴え続けており、今回の北海道マニュアルの策定作業にも協力させていただきました。